All’inizio degli anni ’90, Zappa dedicò quasi tutte le sue energie al lavoro orchestrale e al Synclavier.
Nel mese di aprile 1991, Zappa annunciò su una radio di Berkeley la sua candidatura alle elezioni presidenziali americane come partito indipendente.
Poco dopo, sua figlia maggiore Moon Unit rivelò che Frank, a causa di un cancro alla prostata, non avrebbe potuto svolgere alcuna attività politica.
La malattia gli causò la morte il 4 dicembre 1993, all’età di 52 anni. La sua ultima tournée accompagnata da una formazione rock si svolse nel 1988, con un ensemble di 12 musicisti a cui Frank chiese di conoscere oltre 800 composizioni, gran parte delle quali tratte dal repertorio di Zappa. Il tour, interrotto per disaccordo tra i membri della band, è stato immortalato negli album The Best Band You Never Heard in Your Life, Make a Jazz Noise Here e Broadway the Hard Way, più alcuni brani dell’album You Can’t Do That on Stage Anymore, Vol. 6.
“You Can’t Do That on Stage Anymore” è l’ultima grande produzione di Frank Zappa, un progetto che riesce a malapena a portare a termine.
I vol. 5 e 6 sono stati pubblicati nel 1992: su 6 doppi CD (circa 20 ore di ascolto) ha raccolto 3 decenni di spettacoli mescolando (a volte nella stessa canzone) tutti i suoi diversi gruppi senza alcun ordine cronologico.
È un tuffo in quella che ha chiamato la ‘continuità concettuale’, che definisce la coerenza complessiva del suo lavoro.
Qualche tempo prima della sua morte, Zappa si occupò ancora una volta della politica culturale ceca su richiesta di Václav Havel, presidente della Cecoslovacchia prima e della Repubblica Ceca poi. I due uomini si tenevano in grande considerazione.