Nel corso degli anni, l’amicizia tra Zappa e Captain Beefheart fu talvolta espressa in forma di accesa rivalità tra musicisti. I due non si risparmiarono anche parecchi insulti a distanza.
I rapporti tra i due si fecero sempre più tesi finché iniziarono ad ignorarsi l’un l’altro rifiutandosi persino di rivolgersi la parola.
Zappa era irritato perché il “Capitano”, spesso anche sul palco durante i concerti, si sedeva in un angolo e iniziava costantemente a disegnare delle caricature di Zappa che lo ridicolizzavano agli occhi della band.
Musicalmente, inoltre, lo stile primitivo e spontaneo del Capitano contrastava con la disciplina compositiva e la tecnica di Zappa. Il batterista dei Mothers of Invention Jimmy Carl Black raccontò la situazione che si era venuta a creare, quella di “due geni che si facevano i dispetti l’un l’altro per motivi di ego”.
Zappa e Captain Beefheart si riavvicinarono dopo molti anni, quando a Zappa fu diagnosticato un cancro alla prostata in fase terminale. I due collaborarono nuovamente per le compilation di rarità The Lost Episodes (1996) e Mystery Disc (1996) pubblicate postume dopo la morte di Zappa.